Kompilasi Literatur Perikanan: Virus di Dalam Laut, Kerang dan Ikan

Arsip Cofa No. C 050

Variasi Musiman Kelimpahan Virus di Teluk

Wommack et al. (1992) melaporkan bahwa virus dalam jumlah banyak telah ditemukan pada sampel air yang dikumpulkan dari Teluk Chesapeake. Virus dihitung dengan uji ultrasentrifugasi sampel air pada grid (kaca bergaris) yang kemudian dilihat dengan mikroskop elektron tansmisi. Jumlah virus pada September 1990, April 1991, Juni 1991, Agustus 1991 dan Oktober 1991 berkisar antara 2,6 x 10⁶ dan 1,4 x 10⁸ virus/ml dengan rata-rata 2,5 x 10⁷ virus/ml. Jumlah virus biasanya adalah minimal tiga kali jumlah bakteri yang dihitung langsung pada sampel yang sama. Jumlah virus pada Agustus dan Oktober secara nyata lebih banyak dibandingkan pada waktu-waktu sampling yang lain, sedangkan jumlah bakteri secara nyata lebih rendah pada saat itu, sehingga menghasilkan rasio virus terhadap bakteri 12,6 dan 25,6, berturut-turut. Dari analisis morfologi partikel virus, disimpulkan bahwa sebagian besar virus adalah bakteriofage (pemakan bakteri). Banyaknya virus yang diperoleh dalam penelitian ini menunjukkan bahwa virus mungkin merupakan faktor penting yang mempengaruhi populasi bakteri di Teluk Chesapeake, dengan dampak terhadap pemindahan gen dalam populasi bakteri perairan alami dan pelepasan mikroorganisme hasil rekayasa genetik ke lingkungan estuaria dan pesisir.

Baca juga :
Virus dan Bakteri Planktonik Dalam Perairan

Kelimpahan Virus di Perairan Terumbu Karang

Paul et al. (1993) mempelajari distribusi virus dan kelimpahan mikroba di lingkungan terumbu karang Key Largo, Florida. Kelimpahan virus dalam kolom air, yang dihitung secara langsung dengan bantuan mikroskop elektron transmisi, adalah tinggi di Blackwater Sound (Teluk Florida) sebanyak 1,2 x 10⁷ virus per ml, berkurang ke arah patahan benua (1,7 x 10⁶ virus per ml) dan berkorelasi terbalik dengan salinitas (r = - 0,97). Perhitungan langsung jumlah virus dalam sampel sedimen berkisar dari 1,35 x 10⁸ sampai 5,3 x 10⁸ virus/ml dan rata-rata hampir 2 ordo besaran lebih banyak daripada jumlahnya dalam kolom air. Perhitungan langsung jumlah virus (baik dalam sedimen maupun kolom air) melebihi jumlah bakteri laut inang (Vibrio natriegens dan lain-lain) sebanyak 7 – 8 ordo besaran. Kelimpahan virus dalam kolom air tidak berkorelasi dengan hasil perhitungan langsung jumlah bakteri atau klorofil-a, dan parameter-parameter virus sedimen tidak berkorelasi dengan data salinitas, virus dan mikroba kolom air. Coliphage (pemakan bakteri coli), yang merupakan indikator pencemaran tinja, terdeteksi dalam dua sampel kolom air dan kebanyakan sampel sedimen, namun konsentrasinya relatif rendah (kurang dari 2 – 15 per liter untuk sampel kolom air, dan kurang dari 2 sampai 10⁸ per ml sedimen). Penemuan ini menunjukkan bahwa virus melimpah di lingkungan Key Largo, terutama di sisi Teluk Florida, dan bahwa proses-proses yang mengendalikan distribusi virus dalam kolom air (yaitu, salinitas dan masukan air tawar) adalah tidak berhubungan dengan proses-proses yang mengendalikan distribusinya di dalam lingkungan sedimen.

Kelimpahan DNA Seukuran-Virus di Laut

Maruyama et al. (1993) memperkirakan bahwa konsentrasi DNA total dalam filtrat filter Nuclepore berukuran-pori-0,2-mikron (fraksi kurang dari 0,2 mikron) di perairan Teluk Tokyo adalah 9 sampai 19 nanogram/ml berdasarkan metode kuantifikasi imunokimia. Hampir 90 % DNA dalam fraksi yang berukuran kurang dari 0,2 mikron adalah lebih besar dari 3,0 x 10⁵ Da dan 0,03 mikron, dan kebanyakan tidak rentan terhadap pencernaan DNase, jadi terdiri dari DNA tak-tercerna-DNase (DNA berselubung). DNA dengan jumlah nyata diperoleh dari fraksi berukuran kurang dari 0,2 mikron dalam air laut dengan tiga metode yang berbeda : presipitasi (pengendapan) polietilen glikol presipitasi etanol langsung, dan konsentrasi ultrafilter. Analisis gel elektroforesis terhadap isolat DNA menunjukkan bahwa mereka terdiri dari terutama DNA berselubung dengan ukuran molekul yang sama (20 sampai 30 kb atau 1,3 x 10⁷ sampai 2,0 x 10⁷ DA). Kelimpahan DNA berselubung yang seukuran-virus ultramikron di dalam air laut alami menunjukkan bahwa partikel-partikel kaya-DNA ini adalah berhubungan dengan kumpulan virus DNA laut dan bahwa mereka bisa menjadi cadangan fosfor yang penting bagi lingkungan.

Ad (klik gambar untuk informasi lebih detil) :

Penghambatan Fotosintesis Fitoplankton Laut Oleh Virus

Suttle (1992) mengamati penghambatan fotosintesis fitoplankton di laut oleh partikel mirip virus. Teknik ultrafiltrasi digunakan untuk memekatkan fraksi berukuran 2 – 200 nanometer dari sampel air laut hingga kepekatan 100 sampai 1000 kali lipat. Pengamatan dengan mikroskop elektron menunjukkan bahwa konsentrat ini sangat kaya akan partikel mirip-virus. Bila sedikit konsentrat ini diteteskan ke dalam sampel air laut alami maka produktivitas primer (penyerapan ¹⁴C-bikarbonat) sedikit terpengaruh bahkan bisa dihambat sampai 78 % dalam beberapa menit. Pada beberapa kasus, peningkatan 20 % konsentrasi fraksi ini ke dalam air laut bisa menurunkan laju fiksasi karbon sampai hampir 50 %. Fitoplankton yang paling terpengaruh oleh partikel mirip-virus ini adalah fitoplankton yang berukuran lebih dari 3 mikron.

Virus Laut Raksasa ?

Bratbak et al. (1992) melaporkan bahwa partikel mirip virus (virus-like particle, VLP) berukuran besar yang tak wajar dan berekor telah ditemukan dalam sampel air dari perairan pesisir Norwegia dan Denmark. Ukuran kepala VLP adalah 340 sampai 400 nanometer dan ekornya 2,2 sampai 2,8 mikron. VLP ini terdapat pada konsentrasi maksimum sekitar 10⁴/ml. Inang yang mungkin untuk virus ini tidak diketahui.

Baca juga :
Virus dan Bakteri Planktonik Dalam Perairan

Pendeteksian Virus Enterik Dalam Oyster

Atmar et al. (1993) melaporkan bahwa prosedur untuk mendeteksi asam nukleat virus enterik dalam oyster dengan reaksi rantai polimerase telah dikembangkan. Poliovirus tipe 1 dengan jumlah diketahui dibiakkan di dalam tubuh kerang oyster. Virus diekstrak dan dipekatkan dengan menggunakan flokulasi organik dan presipitasi polietilen glikol. Penghambat reaksi rantai polimerase-transkripsi balik ada dalam ekstrak oyster, yang mencegah perbanyakan asam nukleat virus sasaran. Teknik presipitasi acetyltrimethylammonium bromide cukup untuk menyingkirkan penghambat sehingga memungkinkan pendeteksian sampai serendah 10 PFU poliovirus. Virus Norwalk juga bisa dideteksi setelah dibiakkan di dalam oyster. Metodologi ini bisa berguna untuk mendeteksi virus tersebut dan virus patogen lain asal kerang.

Birnavirus Pada Bandeng

Chen (1990) mempelajari karakteristik dan daya patogen virus bandeng (milkfish virus atau MV) yang diisolasi dari ikan bandeng budidaya (Chanos chanos). Bila MV diinokulasi ke dalam sistem kultur sel CCT (color carp testis) dan diamati menggunakan mikroskop elektron maka terlihat adanya virion berdiameter 55 – 65 nanometer. Telah ditunjukkan bahwa MV ini stabil dalam larutan netral dan asam serta dalam pelarut organik. Studi penghambat metabolik menunjukkan bahwa virus tersebut memiliki RNA sebagai material genetiknya. Hasil penelitian yang diperoleh dari uji elektroforesis asam nukleat, netralisasi dan immunoblotting menunjukkan bahwa MV merupakan galur Ab dari virus Infectious Pancreatic Necrosis.

REFERENSI :
ARTIKEL TERKAIT